Ured za programe i projekte Europske unije obavlja poslove koji se odnose na: pripremu, planiranje, provedbu, praćenje i vrednovanje programa i projekata za korištenje sredstava fondova Europske unije te drugih međunarodnih izvora financiranja, a osobito praćenje i stručnu obradu natječaja Europske unije i pripremu projektnih prijedloga za programe i projekte Europske unije, suradnju s institucijama nadležnim za provedbu programa i projekata Europske unije u Republici Hrvatskoj i Europskoj uniji, poslove u vezi sa sklapanjem partnerstva povezanih s programima i projektima Europske unije kao i na druge oblike suradnje usmjerene korištenju sredstava iz fondova Europske unije, te na druge poslove sukladno propisima.